Красногорская МГЭС-2 расположена на реке Кубань (806 км от устья), на территории Карачаево-Черкесской Республики, в Усть-Джегутинском муниципальном районе, около станицы Красногорская, на расстоянии 3,4 км ниже по течению реки от Зеленчукской ГЭС-ГАЭС и в 40 км южнее города Черкесска.